Le Dr Goncalves a obtenu sa licence en biologie marine et biotechnologie en 2006, une maîtrise en aquaculture, un diplôme d'études supérieures en sciences pharmaceutiques de l'Université de l'Algarve (Portugal) et son doctorat à l'Université de Stirling, étudiant l'impact de mycotoxines en aquaculture. En 2006, Rui a débuté sa carrière en travaillant pour l'une des plus grandes écloseries de dorade royale et de bar en Europe, où il était responsable de l'élevage et du sevrage des larves. Par la suite, il a concentré ses travaux sur la nutrition et la santé des espèces aquatiques à l’Université de l’Algarve. En 2014, après une période de travail en Norvège dans une écloserie d'oursins, Rui a rejoint BIOMIN Holding, après avoir travaillé comme scientifique en aquaculture au sein du département de développement des mycotoxines.

Le Dr Goncalves est auteur et co-auteur de plus de 50 articles dans des revues internationales à comité de lecture et a dirigé la publication du livre intitulé « Mycotoxins in Aquaculture », dans lequel il est également l'auteur de plusieurs chapitres.